Líder tímu Arkea-Samsic síce v septembri dokončil Tour de France, no následné vyšetrenia ukázali, že má fraktúru jabĺčka.
Prvý nepríjemný tohtoročný pád utrpel začiatkom júla, keď mal počas tréningu v Kolumbii kolíziu s autom a zranil si koleno. Po krátkej rekonvalescencii sa vrátil do Európy a štartoval na pretekoch Mont Ventoux Denivele Challenge, Tour de l'Ain a Criterium du Dauphine.
Záverečnú etapu kritéria však nedokončil pre bolesti kolena. Pádom sa nevyhol ani na Tour de France. Na „starej dáme“ obsadil celkovo 17. miesto.
„Lekári mi diagnostikovali zlomeninu jabĺčka v ľavom kolene. Pravdepodobne budem musieť absolvovať chirurgický zákrok, aby som v roku 2021 mohol opäť podávať vrcholné výkony. Početné pády si vyžiadali svoju daň,“ citoval portál cyclingnews.com vyhlásenie Quintanu, ktoré Kolumbijčan zverejnil na twitteri.
Po Tour skončení Tour musel vysvetľovať raziu polície v izbách jeho tímu.