Šprintérsky líder tímu Cannondale skončil druhý vo štvrtkovej 12. etape z Bourg-en-Bresse do Saint Étienne (185,5 km). V záverečnom špurte Sagan prehral iba s Nórom Alexandrom Kristoffom z tímu Kaťuša. Pre 24-ročného Sagana je to už štvrté druhé miesto v 101. ročníku TdF. Tretí skončil domáci šprintér tímu FDJ.fr Arnaud Démare.
Na čele celkovej klasifikácie zostal Talian Vincenzo Nibali z tímu Astana s náskokom 2:23 min pred Austrálčanom Richiem Portem (Sky) a 2:47 min pred Španielom Alejandrom Valverdem (Movistar).
Ďalšia z mierne zvlnených etáp s horskými prémiami nižších kategórií na ceste do Álp priniesla únik už po 12 km. Vpredu sa sformovala pätorka Sebastian Langeveld (Garmin-Sharp), Gregory Rast (Trek), Simon Clarke (Orica), David De La Cruz (NetApp) a Florian Vachon (Bretagne-Séché), ktorá si čoskoro vybudovala až takmer päťminútový náskok. Šprinérska prémia na 40. km sa skončila triumfom Francúza Vachona. Neohrozený líder bodovacej súťaže Peter Sagan si došiel po 5 bodov na 11. mieste. Prvé dve horské prémie štvrtej, resp. tretej kategórie na 59. a 83. km vyhral Španiel De La Cruz.
Neskôr však spadol a z pretekov odstúpil. Medzičasom zostala vpredu dvojica Langeveld – Clarke a v tomto poradí aj prešli horskou prémiou na Col des Brosses na 138. km. Dvadsaťpäť kilometrov pred cieľom bol už na čele sám Austrálčan Clarke a stihol ešte vyhrať poslednú horskú prémiu dňa a získať 1 bod do vrchárskej súťaže. Potom ho dostihli dvaja jazdci tímu Europcar Cyril Gautier a Perrig Quémeneur, ale pelotón bol 10 km pred cieľom už na dohľad.
Dvojica Gautier – Clarke bojovala ešte chvíľku, ale podľa predpokladov neodolala sile šprintérskych tímov v pelotóne. Záverečných 5 km sa zmenilo na boj o čo najlepšiu východiskovú pozíciu do záverečného špurtu. Napriek dobrej práci tímu Cannondale zostal Sagan 1 km pred cieľom vpredu z talianskeho zoskupenia už len sám a napokon v súboji o etapové víťazstvo tesne prehral s Nórom Kristoffom.
12. etapa (Bourg-en-Bresse – Saint Étienne, 185,5 km):
1. Alexander Kristoff (Nór.) Kaťuša 4:32:11 h, 2. Peter Sagan (SR) Cannondale, 3. Arnaud Démare (Fr.) FDJ.fr, 4. Michael Albasini (Švaj.) Orica GreenEdge, 5. Ramunas Navardauskas (Litva) Garmin-Sharp, 6. Matteo Trentin (Tal.) Omega Pharma Quick-Step, 7. Daniela Bennati (Tal.) Tinkoff-Saxo, 8. Bryan Coquard (Fr.) Team Europcar, 9. Daniel Oss (Tal.) BMC Racing, 10. Samuel Dumoulin (Fr.) AG2R La Mondiale,… 52. Peter Velits (SR) BMC Racing – všetci v rovnakom čase ako víťaz.
Poradie po 12. etape:
1. Vincenzo Nibali (Tal.) Astana 51:31:34 h, 2. Richie Porte (Aus.) Sky +2:23 min, 3. Alejandro Valverde (Šp.) Movistar +2:47, 4. Romain Bardet (Fr.) AG2R La Mondiale +3:01, 5. Thibaut Pinot (Fr.) FDJ.fr +3:47, 6. Tejay van Garderen (USA) BMC Racing Team +3:56, 7. Jean-Christophe Péraud (Fr.) AG2R La Mondiale +3:57 8. Bauke Mollema (Hol.) Belkin +4:08, 9. Jurgen van den Broeck (Belg.) Lotto-Belisol +4:18, 10. Jacob Fuglsang (Dán.) Astana +4:31
Bodovacia súťaž (zelený dres):
1. Sagan (SR) 341 bodov, 2. Coquard (Fr.) 189, 3. Kristoff (Nór.) 172
Súťaž vrchárov (biely dres s červenými bodmi):
1. Rodríguez (Šp.) 51 bodov, 2. Voeckler (Fr.) 34, 3. T. Martin (Nem.) 26
Súťaž jazdcov do 25 rokov (biely dres):
1. Bardet 51:34:35 h, 2. Pinot (obaja Fr.) +46, 3. Kwiatkowski (Poľ.) +1:38